La Coordinadora de las Organizaciones Indígenas de la Cuenca Amazónica (COICA) es la mayor organización representativa de su tipo en la región. Está integrada por federaciones nacionales indígenas elegidas en las nueve naciones amazónicas. A lo largo de su historia, COICA ha estado en la primera línea de la lucha por el respeto de los derechos de los pueblos indígenas y la seguridad territorial. RFUS ha trabajado con COICA durante muchos años en colaboraciones específicas con federaciones nacionales como AIDESEP en Perú y APA en Guyana, así como en iniciativas regionales como el Fondo de Emergencia Amazónica lanzado en 2020 frente a la pandemia de COVID-19. COICA es también miembro líder de la Alianza Global de Comunidades Territoriales.